Hakkında birçok soruşturma yürütülen Gannuşi, 17 Nisan'da gözaltına alınmasının ardından tutuklu yargılanmak üzere başkent Tunus’taki Mornegiyye Cezaevine gönderildi.

Gannuşi, bir toplantıdaki sözleri nedeniyle "halkı iç savaş çıkarmaya yönlendirmek" iddiasıyla hakkında açılan ve ifade verdikten sonra tutuksuz yargılanmak üzere serbest bırakıldığı soruşturma kapsamında, iftar vaktinden hemen önce yüzlerce polisin katıldığı bir baskın ile evinde gözaltına alındı.

Yerel ve uluslararası kamuoyundaki tepkilere rağmen 48 saatlik polis sorgusunun ardından tutuklanan Gannuşi, hakkında yürütülen soruşturmalar, “siyasi” ve “mesnetsiz” olduğu gerekçesiyle duruşmalara çıkmayı reddediyor.

Gannuşi, onlarca siyasi, gazeteci, aktivist, iş insanı ve hukukçunun tutuklanmasına neden olan "devlet güvenliğine karşı komplo", kara para aklama soruşturması kapsamında açılan "Nema Derneği davası", Nahda Hareketi'nin iktidar ortağıyken oluşturduğu iddia edilen "gizli örgüt" soruşturması ile "çatışma bölgelerine Tunusluların gitmesine yardımcı olmak" gibi birçok soruşturmada ifade verdi.