Yıldız Teknik Üniversitesi’nde okuyan 2 öğrencinin, ayrıca birden fazla kişi ve kurumların ihbarda bulunup, şikâyet dilekçesi vermesi üzerine Bakırköy Cumhuriyet Başsavcılığı tarafından Kutay hakkında ‘Halkın Bir Kesiminin Benimsediği Dini Değerleri Alenen Aşağılama’ suçundan soruşturma başlatıldı. Ancak, 2547 Sayılı Yüksek Öğretim Kanunun ‘Ceza Soruşturma Usulü’ne göre Uğur Kutay’ın işlediği öne sürülen suç hakkında yetkili makamlar inceleme başlatılabilecek.
Yani ‘Son Soruşturmanın Açılıp Açılamaması’ aynı kanuna göre ‘Öğretim Elemanları, Fakülte, Enstitü ve Yüksek Okul Sekreterleri hakkında Üniversite Yönetim Kurulu Üyeleri arasından oluşturulacak 3 kişilik kurul karar verir’ şeklinde yasal düzenleme bulunduğu gerekçesiyle Uğur Kutay hakkında ceza soruşturması yapma yetkisi Üniversite Rektörlüğüne ait.
Bu sebeple Kutay hakkında görevsizlik kararı yazılarak dosyanın Yıldız Teknik Üniversitesi Rektörlüğü'ne gönderildi.