1939 Erzincan Depremi'nde ablası, ağabeyi ve kardeşi depremde ölmüş, annesi, babası ve kendisi yaralı olarak kurtulmuştur. İlk ve orta öğrenimini Erzincan'da tamamladıktan sonra 1950'de İstanbul'a giderek Zırhlı Birlikler Okulu'na yazılmıştır. Bu sürede 1953'e kadar orta saha ve forvette görev aldığı Davutpaşa takımına da girmiştir. 1952'de askeri okulu tamamlamasının ardından Kartal Maltepe'deki 1. Zırhlı Birlikler Tugayı'nda Tank Astsubayı olarak göreve başlamış, bir süre Erzurum, Kandilli'de görev yapmasının ardından 1960'ta Hava Kuvvetleri'ne geçerek füzeci olmuştur. Amerika'ya elektronik üzerine 6 aylık eğitime gönderilmiş ve füzeler üzerinde uzmanlaşmıştır.

Askerlik hayatı boyunca 10'dan fazla kez Amerika'da eğitimlere katılmıştır. Birçok kez Avrupa'ya da gönderilen Okçu, bu geziler hakkında "Avrupa’yı İslamiyet’ten fazla bilirim, Allah beni affetsin. Yani hayatımı oraya harcadım. Avrupa ülkelerini bir bir dolaştım. Ordu beni dolaştırdı, orduya minnettarım." demektedir. 1958'de New York'tan İstanbul'a gelirken Atlas Okyanusu üzerinde iken 4 motorlu uçağın 3 motorunun stop etmesi sonucu bir ölüm tehlikesi atlatmıştır. Askerlik hakkında "Askerlik çok iyi bir meslek. Ben kültürümü orada artırdım, orada tahsil yaptım. Orada dinimi, imanımı öğrendim. Dünyaya tekrar gelsem, her hâlde yine asker olurdum. Askerlik tabii ters gidene de çok kötü bir meslek." diyen Ömer Okçu, Kuran-ı Kerim'i okumanın yanında, Arapça, İngilizce ve Osmanlıca'yı da kendi çabasıyla öğrenmiştir.

Dinle ilgilenmeye başlaması üzerine eserleriyle tanıştığı Said Nursi ile bizzat tanışmak için 1957'de Emirdağ'a giderek Said Nursî'nin talebeleri arasına katılmış, daha sonra Erzurum'da sohbetine katılarak tanıştığı Mehmet Kırkıncı'ya da talebe olmuştur.

3 Şubat 2002’de Eyüp Sultan Camii’nde beyin kanaması geçirmiş, komadan kurtulup evine getirilmesinin ardından 1 Mart 2002'de ikinci defa beyin kanaması geçirmiştir. Kendisine müdahale eden doktorların yüzde 5 yaşama şansı vermesine karşın hayatta kalmış ancak vücudunun sol tarafı felç olmuştur. 10 Haziran 2009'da mide ve bağırsak rahatsızlığı nedeniyle yeniden hastaneye kaldırılmış ve yeni bir ameliyat geçirmiştir.