Ancak bu bina bugün Fatih Camii adı altında yürüttüğü misyonu ve geçmişi ile benzerlerinden çok farklı bir hikayeye sahip.

Hollandalı sosyalistlerin gizli toplantıları için 1890'da inşa ettikleri bina, bir süre sonra Cizvit Tarikatı tarafından satın alınıyor. Katolik kilisesine bağlı Cizvitler 1927'de eski binayı yıkarak kilise binasını inşa ediyor.

Hollanda nüfusunun ağırlıklı olarak protestan ve ateistlerden oluşması, 1971'de kilisenin cemaatsiz ve parasız kalmasına yol açıyor.

Bina 10 yıl kadar amaç dışı olarak kullanılıyor. Ta ki 1980'de Amsterdam'daki Türk toplumu kendileri için bir cami arayışına girene kadar.

1981'de camiye çevrilen yapı, 1986'da Hollanda Diyanet Vakfı'na bağlanıyor.

Fatih Camii görevlisi Kemal Gözütok, yapıyla ilgili şunları söylüyor:

"Amsterdam'da Türk cemiyetinin sabit camisi yok. 1980'de kendilerine uygun bir bina arıyorlar ve burayı öğrenip duyuyorlar talip olup alıyorlar. Sosyalistlerin 1890’da inşaa etmiş olduğu binanın ismi Constantine”dir. Yani İstanbul. Ve tarihçesinden haberleri olmaksızın ismini Fatih koyuyorlar. Burada da ilginç bir tevafuk var. Dolayısı ile camimizin hem mimarisi çok harikadır hem de tarihçesi çok ilginçtir."

Yapının Cizvit tarikatı tarafından terk edilmesinin ardından yeniden dini bir amaca hizmet etmesi bir zamanlar burada rahip olarak görev yapmış Katolik din adamlarını da mutlu etmiş. 

Fatih Camii günümüzde yalnızca Amsterdam'daki müslümanların önemli bir buluşma noktası değil, aynı zamanda kentin anıt yapılarından biri.

Amsterdam'ı ziyaret eden turistler, kültür-sanat organizasyonlarına da ev sahipliği yapan Fatih Camii'ni ziyaret ederek, Hollanda toplumu ile kaynaşan İslam dinini de tanıma fırsatı buluyor.