Kızıldeniz başlangıçta sığ bir su yoluyla Akdeniz'e bağlıydı, ancak bu bağlantı tektonik hareketlerle koptu ve Kızıldeniz uçsuz bucaksız bir tuz çölüne dönüştü.
Son araştırmalar, bu kurak dönemin yaklaşık 6,2 milyon yıl önce, Hint Okyanusu'nun sularının Kızıldeniz'i okyanuslardan ayıran volkanik bariyeri aşmasıyla dramatik bir şekilde sona erdiğini ortaya koydu.

Jeolojik kanıtlar, bu büyük selin deniz tabanında 320 kilometre uzunluğunda, bugün hâlâ görülebilen bir su altı vadisi oluşturduğunu gösteriyor. Havzanın yeniden dolma süreci, jeolojik ölçeklerde çok kısa sayılabilecek 100.000 yıldan kısa sürdü.
Kızıldeniz, Arap Levhası'nın Afrika Levhası'ndan ayrılmaya başladığı 30 milyon yıl önce oluşmuştur. Deniz, başlangıçta göllerle dolu dar bir yarık vadisi olarak başlayıp, 23 milyon yıl önce Akdeniz'e bağlandıktan sonra daha geniş bir körfeze dönüşerek çeşitli aşamalarından geçmiştir.
Kızıldeniz'deki deniz yaşamı, fosillerin kuzey kıyılarında gelişen mercan resiflerinin varlığını göstermesiyle, refah ve gerileme dönemleri yaşamıştır. Ancak iklim değişikliği ve tektonik hareketler, sudaki tuzluluğun artmasına ve 15 ila 6 milyon yıl önce birçok deniz türünün yok olmasına yol açmıştır.
Kızıldeniz bugün okyanusların nasıl oluştuğunu, tuz birikintilerinin nasıl biriktiğini ve iklimsel etkenlerle tektonik hareketlerin milyonlarca yıl boyunca nasıl etkileşime girdiğini incelemek için eşsiz bir doğal laboratuvar konumundadır.
Bu keşifler ekosistemin dayanıklılığını ve en aşırı koşullardan sonra bile kendini toparlama yeteneğini ortaya koyuyor.





