Türkiye Ali Fuat Yılmazer adını ilk olarak Ergenekon soruşturmaları ile duydu. Ancak Türkiye`nin yıllarca konuşulacağı bu soruşturmanın çalışmaları 2006 yılına dayanıyor.  Henüz Türkiye`nin değil ama emniyet camiasının tanıdığı Ali Fuat Yılmazer, ‘yasadışı dinleme iddianamesine göre` İstihbarat Daire Başkanlığı C-2 Büro Amirliği içinde 2006 yılı Haziran ayında C-5 adlı ‘mevzuat dışı` çalışan bir büro kurdu.

İddianamelerde, "FETÖ/PDY Silahlı Terör Örgütü'nce başlatılması planlanan Ergenekon soruşturmalarının hazırlıklarının yapıldığı, gizli bir yapılanma olan C-5 Bürosu'nun varlığı açığa çıkarılmıştır" denildi. Bu büroda "Yapılması planlanan Ergenekon Operasyonlarının hazırlıklarının özel ekip tarafından hazırlandığı” belirtildi.

2007 yılında Ali Fuat Yılmazer İstanbul İstihbarat Şube Müdürlüğü`ne atandı. Bu atama Dink cinayetinin ardından gerçekleşti. Dink cinayeti iddianamesinde de bu yapılanmanın, emniyet içindeki oluşumunu tamamlamak için cinayeti önlemediği, bu cinayet ile eski müdür Ahmet İlhan Güner`in tasfiye edilerek yerine Yılmazer`in getirtildiği belirtildi.

Yılmazer`in İstanbul`a göreve başlamasının ardından yaklaşık 5 ay sonra Ümraniye`de bulunan el bombaları ile Ergenekon soruşturması başladı.

Dalga dalga gelen bu operasyonların arkasındaki iki isim hep ön plana çıktı. Savcılık ayağında Zekeriya Öz, emniyet ayağında Ali Fuat Yılmazer...

Soruşturmaları bir nevi ‘yöneten` Yılmazer, bir dönemin popüler polis müdürleri arasındaydı.

İktidar ile ‘soğuyan` ilişkiler 17-25 Aralık 2013`teki soruşturmaların ardından koptu. İlişkiler ‘paralel devlet` yapılanması soruşturmaları ile tamamen son buldu. Gülen yapılanması yanında saf tutan Yılmazer, 2014 yılının Temmuz ayında tutuklandı.

O güne kadar kulak arkası edilen ancak dilden dile yayılan ‘istihbari hukuksuz dinlemeler ve takipler` gün yüzüne çıkmaya başladı.

Fuat Yılmazer, bugün emrinde çalışan istihbarat polisleri ile birlikte sanık sandalyesine oturdu.

‘Darbe ve yasadışı dinleme` suçlamalarıyla yargılanan Yılmazer, bugün sanık sandalyesinin en ön sırasında yer aldı.

Diğer sanıkların aksine kimse ile sohbet etmedi. Diğer sanıklar sürekli arkalarına bakıp, aileleri ve arkadaşları ile temas kurmaya çalıştı. Ancak Yılmazer, sadece bir kez ailesi ile selamlaştı.

Ali Fuat Yılmazer sert ve gergindi. Bu gerginliği de kimlik tespiti sırasında tüm salonda farkedildi.

Tutuksuz sanıklardan emekli bir polis, kimlik tespiti sırasında açık adresini verdi. Bu sırada ön sıradaki Ali Fuat Yılmazer, bağırdı: “ Açık adreslerinizi dikkatli verin. Örgütlere gidiyor. Medya sayfa sayfa yazıyor. Terörle mücadele ettiniz. Kime güveniyorsunuz da yazdırıyorsunuz?“

Bu sözlere diğer sanıklardan destek geldi. “Sağolun müdürüm.” Ancak bu sözlere mahkeme başkanı tepki gösterdi. Başkan, “Müdahale etmeyin. Zorla mı alıyoruz? İstemeyen vermez adresini” dedi.

Kimlik tespitlerinin ardından davaya devam edildi. Davada söz alan sanık avukatları mahkeme heyetinin tarafsız olmadığı gerekçesiyle davadan çekilmesi için 'reddi hakim' talebinde bulunmaya devam ediyor.

En çok askerler ve AK Partililer dinlendi
Bugün görülen davanın iddianamesinde  farklı kesimden 209 kişi müşteki olarak yer aldı. Yani 209 isim sahte isimlerle dinlendi.
İddianamede yasadışı dinlenen kişiler hakkında ayrıntılı istatistiksel veriler de yer alıyor. İddianameye göre en çok üst düzey askerler dinlenildi. Partiler arasında ise AK Partililer yasadışı bir şekilde en çok dinlenenler.  AK Partililerin ardından en çok dinlenenler arasında ikinci sırada MHP, sonra da sırasıyla CHP ve BBP geliyor.

Doğan ailesi de dinlenenler arasında
İddianamede ‘sahte isimlerle` dinlenenler arasında Aydın Doğan, Mehmet Ali Yalçındağ, Hürriyet Gazetesi Yazı İşleri Müdürü Doğaner Gönen, muhabir Toygun Atilla ve hatta Doğan Holding'in vergi davalarına bakan hâkim Hasan Erdem`in de yer aldığı belirtildi. Dinlemelere gerekçe olarak ise Ergenekon soruşturmasının gösterildiği vurgulandı.

Aydın Doğan'ın "iletişimine müdahalesine" 16.01.2009'da karar verildi, dinleme 07.07.2009'da sona erdi. Aydın Doğan'ın dinlenmesi için yapılan talepler, "Ahmet" ve "Ahmet Doğan" isimleri için yapıldı. Söz konusu hattın Aydın Doğan tarafından kullanıldığı anlaşıldı.

Mehmet Ali Yalçındağ, Haydar Şar kod adıyla dinlenmiş

Aynı iddianamede Doğan Yayın Holding Başkanı ve Yandex Türkiye CEO'su, aynı zamanda Aydın Doğan'ın kızı Arzuhan Yalçındağ'ın eşi Mehmet Ali Yalçındağ'ın dinlendiği bilgisine de yer veriliyor. Yalçındağ'ın 24 Eylül ve 28 Eylül 2009 tarihleri arasında beş gün dinlendiği anlaşılıyor. Yalçındağ'ın dinlenmesi talebinde kullanılan IMEI numarasının Haydar Şar adına kayıtlı olduğu görülüyor.

Hürriyet Yazı İşleri müdürlerinden Doğaner Gönen'in de Ahmet kod adıyla dinlenmesinin talep edildiği ve 17 Ekim 2008 - 16 Ocak 2009 tarihleri arasında yine Ergenekon soruşturması kapsamında dinlendiği anlaşılıyor.

Hürriyet Gazetesi muhabirlerinden Toygun Atilla da "Organize suç örgütü mensubu" olduğu şüphesiyle hem dinleniyor hem de e-maili takip ediliyor. 16 Ekim 2009- 16 Ocak 2010 arası üç ay dinlenen Toygun Atilla da şikâyetçi.

Doğan Grubu'nun vergi davasına bakan hâkim Hasan Erdem de dinlenmiş

Son olarak iddianameye göre, Doğan Medya Grubu'nun vergi davasına bakan 6. Vergi Mahkemesi Başkanı Hasan Erdem de "Hasan Yalçın" adıyla ve Ergenekon üyeliği şüphesiyle, 9 Nisan itibariyle altı ay boyunca dinleniyor.

Fikret Bila ve Fatih Altaylı
14 Kasım 2008 itibariyle 3 ay boyunca dinlenen bir başka isim de Milliyet Gazetesi Genel Yayın Yönetmeni Fikret Bila. Bila`nın bilgisayarının da 23 Aralık 2008 – 18 Haziran 2009 tarihleri arasında takip edildiği anlaşılıyor.

Habertürk Gazetesi yazarı ve o dönem genel yayın yönetmeni olan Fatih Altaylı ise Fatih ve Fatih Altay adıyla dinleniyor. Altaylı`nın dinlenmesine ilk kez 23 Aralık 2008`de başlıyor.