Bakırköy Cumhuriyet Başsavcılığı meslekten ihraç edilen savcılar Zekeriya Öz, Celal Kara ve Mehmet Yüzgeç hakkında "Suç işlemek amacıyla örgüt kurmak", "Cebir, şiddet kullanarak Türk Cumhuriyeti Hükümetini ortadan kaldırmaya, görevlerini yapmasına kısmen veya tamamen engellemeye teşebbüs" gerekçesiyle tutuklama talebiyle yakalama kararı çıkarıldı.

12 Haziran 2007'de başlayan Ergenekon soruşturması kapsamında; aralarında Genelkurmay Başkanı İlker Başbuğ ve TSK'da görev yapan üst düzey komutanlar ile ÇYDD genel başkanı Türkan Saylan ve bazı ünlü gazetecilerin de yer aldığı isimler hakkında "darbecilik" suçlamasıyla dava açan Zekeriya Öz'e, "darbe" teşebbüsünden yakalama fezlekesi çıkarıldı.