İslam’ın yaygın olduğu Cape Town’da bulunan Clerement Camisi Abdullah Harun’un imam olarak atandığı ilk yerdir. Bu camii bölgenin en önemli merkeziydi. Kısa sürede vaazları, faaliyetleri, gençlerle diyaloğu ve cemaatle ilişkisi meyvelerini verdi ve oldukça sevilen bir insan oldu.

Yanında yetiştiği halası daha küçükken onu Hacca götürmüştü. Daha sonraki dönemlerde de Hacca gitti ve dünya Müslümanlarını tanımaya çalıştı. En çok Seyyid Kutup ve Mevdudi’den etkilendi. Hz. Peygamber (SAV)’in pratiğine uygun bir öğretinin yayılması için mücadele etmeye karar verdi ve yavaş yavaş siyasal alana kaydı. Artık Şeyh Yusuf’tan sonra bölgenin en önemli mücadele sembolü oldu.

İmam Abdullah Harun’un faaliyetleri mevcut rejim için tehlikeli bir hal almıştı. Siyahlar arasında İslam’ın yayılması, zulme karşı Afrikalı diğer gruplarla ilişki kurması, ırkların farklı semtlerde oturmasını sağlamaya çalışan yasaya karşı tüm Müslümanları direnişe çağırması gibi eylemleri artık İmam’a karşı bir şeylerin yapılması vaktinin geldiğinin belirtileriydi.
Şer odakları hemen devreye girdi. Bütün hayatı gözetim altına alındı. Özellikle yurt dışı gezileri jurnalciler tarafından derhal rejime aktarılıyordu. İmam Harun son yurtdışı gezisinde, ilk önce Mekke’ye gitti. Oradan Mısır’a ve oradan da Londra’ya gitti. Direniş için çeşitli temaslarda bulundu. Arkadaşları onu Güney Afrika’ya dönmemesi için uyardı. Ama o mücadeleye kaldığı yerden devam etmeliydi.

Ülkesine döndükten kısa bir süre sonra tutuklandı. Gözaltında atası Hz. Bilal (r.a) gibi akla hayale gelmedik işkencelere maruz kaldı. Kendisine helal gıda verilmediğinden yemek yemiyor, evden yemek istetiyordu. Ama bu istekleri hiç kabul görmedi. Kendisinden bazı isimler isteniyordu. Buna karşılık serbest kalacaktı. Ama bu İmam’ın yapacağı bir iş değildi. Ancak işkenceler de dayanılacak gibi değildi. Yapılan işkenceler ölümcül olmaya başlamıştı. Artık İmam yerinden kalkamayacak hale gelmişti.

İçinde bulunduğu durumu Allah’a arz ediyor ve ruhunu alması için yalvarıyordu: “Rahman ve Rahim olan Allah’ın adıyla. Günahlarımı bağışla. Karımı ve çocuklarımı esirge. Şimdi Senin gözetip esirgemene her zamankinden daha çok muhtaçlar. Ey en esirgeyici olan! Sen birsin, buna iman ettim. Ve Peygamber Muhammed, Senin Resulündür. Selam üzerine olsun. Yaralarım sızlıyor, artık bu eza ve cefaya dayanasım kalmadı. Ey esirgeyici olan! Ruhumu al; işkencelere bedenimi bırak, zayıflığımı bağışla. Ey esirgeyici olan! Beni öldür artık, bedenimi özgür kıl; halkımı özgür kıl!”

İmam yapılan işkenceler sonucunda 27 Eylül 1969 günü şehid oldu.