Mostar Köprüsü Bosna'nın İslamsızlaştırılma projesinin bir ayağı olarak 9 Kasım 1993'te Hırvatlar tarafından yıkıldı
Yoguslavya'nın parçalanması ile Hırvat ve Sırplar müslümanları Avrupa'dan silmek için Bosna'ya karşı yoğun bir saldırı başlattı.
Savaşın başında Sırplara karşı ortak müdafaa veren Boşnaklar ve Hırvatlar, Hırvatların sonraki yıllardaki ihaneti ile karşı karşıya kaldı
Hersek'in merkezi sayılan Mostar şehrinde Hırvat ve Boşnak ortak bir yaşam sürmekteydi
Şehirden geçen Neretva Nehri'nin doğu yakasında Boşnaklar, batı yakasında Hırvatlar çoğunluktaydı.
9 Mayıs 1993'te HVO, Mostar'da Boşnaklara yönelik büyük bir saldırı başlattı. Şehrin doğu yakasına hakim olan Boşnaklar batı yakasındaki Hırvatların yoğun ateşine maruz kaldılar.
Hırvat güçleri bu esnada Mostar'da İslam kültürünün eserlerini yok etmeye özel önem verdiler. Çatışmalardan zarar gören, Osmanlı döneminde inşa edilmiş Mostar Köprüsü 1993'ün Ekim ayı sonlarından itibaren Hırvatlarca özellikle hedef alındı
8 Kasım günü yapılan bombardımanlarda ağır hasar alan Mostar Köprüsü, 9 Kasım 1993'te Hırvat topçu ateşiyle tamamen yıkıldı. Köprünün yıkılış anı kaydedildi ve dünya medyasında yoğun biçimde yer aldı
2001'de Mostar Köprüsü'nün aslına uygun olarak inşası projesi başladı. 15,5 milyon dolar maliyetle 23 Temmuz 2004'te Mostar Köprüsü'nün yeniden inşası tamamlandı.