Taslakta en çok dikkat çeken başlık, rektörlerin seçimiyle ilgili. Düzenlemeye göre Cumhurbaşkanları rektörleri atamayacak. Atamayı Üniversite Konseyi yapacak.
11 kişiden oluşacak konseyin 5 üyesi mevcut üniversite, 2 üyesi Bakanlar Kurulu, 2 üyesi YÖK, 1 üyesi üniversitenin mezunları arasından ve son üyesi de üniversiteye en çok bağış veren veya üniversitenin vergi rekortmenleri arasından seçilecek.
Devlet üniversitelerinde rektörler 5 yıllığına seçilecek. Aynı isim ikinci kez seçilemeyecek. Öğrenci sayısının 50 binin üzerinde olduğu üniversitelerde 5 de rektör yardımcısı görevlendirilecek.
Taslağa göre, YÖK`ün ismi `Türkiye Yükseköğretim Kurumu` olarak değiştirilecek. Devlet ve vakıf üniversitelerinin yanı sıra özel üniversiteler de kurulabilecek. Yabancı yükseköğretim kurumları Türkiye`de üniversite açabilecek. Düzenlemeyle Türkiye`deki devlet üniversitelerinin de yurtdışında yükseköğretim birimi açmasına vize verilecek.
YÖK üyelerini ise Cumhurbaşkanı, Bakanlar Kurulu, Rektörler Kurulu ve meclis tarafından seçilmesi üzerinde duruluyor.