İşgal rejimi israil, Doğu Kudüs'ü işgal ettiği Haziran 1967'den bu yana Mescid-i Aksa'ya yönelik ihlallerini sürdürüyor. Filistin resmi makamlarının verilerine göre, söz konusu ihlallerin en çok yaşandığı ve tehlikeli aşamaya vardığı yıllar 2014, 2015 ve 2016 oldu.
Terörist rejim, 1967'de Kudüs'ü işgal ettikten hemen sonra gerekçe belirtmeden Mescid-i Aksa'nın olduğu muhitte geniş kazı çalışmaları başlattı.
Avustralyalı Yahudi Dennis Michael Rohan, 21 Ağustos 1969'da Mescid-i Aksa'ya saldırarak, mihrabını ve bin yıllık minberini yaktı. Bugüne kadar yapılan çeşitli tadilatlara rağmen söz konusu saldırının Mescid-i Aksa'da bıraktığı tahribatın izleri yok edilemedi.
Bir işgal askerinin 11 Eylül 1982'de Aksa'da namaz kılanların üzerine rastgele ateş açması sonucu 2 kişi hayatını kaybetti, 6 kişi yaralandı.
İşgal polisinin 10 Ekim 1990'da Mescid-i Aksa'ya Süleyman heykelinin temel taşını yerleştirmeye çalışan Yahudilere karşı çıkan Filistinlilere ateş açması sonucu 21 kişi öldü, 150 kişi yaralandı.
Terör rejimi israil'in Mescid-i Aksa muhitinde yaptığı kazı çalışmaları çerçevesinde 25 Eylül 1996'da Aksa'nın batısındaki Burak Duvarı'na (Ağlama Duvarı) çıkan bir tünel açması, Filistin'de halkın tepkisine neden oldu. Birkaç gün süren olaylarda 63 Filistinli öldürüldü, bin 600 kişi yaralandı.
Şaron'un Aksa'nın avlusuna zorla girmesi ikinci intifadayı ateşledi
Terörist rejim eski Başbakanı katil Ariel Şaron'un, 2000 yılında yüzlerce korumasıyla Mescid-i Aksa'yı ziyaret etmesi Filistin topraklarında birkaç yıl devam eden ikinci intifadanın ilk kıvılcımı oldu.
Bu baskınlara tepki olarak Mescid-i Aksa İslami Vakıflar İdaresi, Müslüman olmayanların Aksa'yı ziyaretlerini yasakladı ve işgal rejiminin "ziyaretlerin yeniden başlaması" yönündeki taleplerini reddetti. Bunun üzerine 2003'te, işgal hükümeti, Aksa Vakfı'nın itirazına rağmen Müslüman olmayan turistleri tek taraflı olarak Harem-i Şerif'in avlusuna almaya başladı.
Ürdün Vakıflar Bakanlığı'na bağlı Kudüs'teki İslami Vakıflar İdaresi verilerine göre, 2015 yılı içinde 11 bin 472, 2016 yılında yaklaşık 14 bin Yahudi yerleşimci Mescid-i Aksa'nın avlusuna girdi.