Birçok ülkede önemli bir “reform” olarak sunulan karma eğitim uygulaması günümüzde ciddi bir şekilde tartışılmaya başlanmış, bazı ülkelerde alternatifleri oluşturulmuş, bazı ülkelerde ise kaldırılmıştır. Karma eğitim modelinin çocuk ve gençlik üzerindeki zararları ve olumsuz etkileri şöyle sıralanabilir: 

1. Özgüvensizlik, utangaçlık, içine kapanıklık gibi psikolojik problemler: Erkek ve kız çocukların kişiliklerinin oluştuğu en kritik süreçler olan okul dönemlerinde, ruhi ve psikolojik farklılıklar ve yönelimler göz ardı edildiği için bireylerde psikolojik sorunlar ortaya çıkmaktadır. Özellikle aynı ortamı paylaşan kız ve erkek öğrencilerin kendilerini rahat hissetmeme problemi; utangaçlık, içine kapanıklık,  özgüven eksiklikleri başarısızlığa sebebiyet vermektedir. Bu dönemde daha duygusal olan kız çocuklarının bu olumsuzluklardan daha fazla etkilendiği söylenebilir.

2. Cinsel tacizlere zemin hazırlama: Ergenlik dönemindeki öğrencilerde biyolojik farklılıklardan kaynaklı değişimler aynı ortamda bulunan karşı cinsteki öğrencileri yoğun cinsel dürtülere maruz bırakmaktadır. Bu durum birçok cinsel taciz olayına sebebiyet vermektedir. Eğitim Sen`in de 2000-2009 yılları arasında yaptığı araştırmaya göre, okullardaki taciz ve tecavüz vakalarında ciddi bir artış yaşanmaktadır. Yine bu konuda Türk Eğitim Sen`in 2006 yılında muhtelif illerden ilköğretim okulunun 7 ve 8. sınıf öğrencileriyle yaptığı ankete göre, öğrenciler arasındaki cinsel taciz olaylarının %92`lere çıktığı tespit edilmiştir.

ABD`de ise, ilkokul ikiden lise son sınıfa kadar karma eğitim modeline göre eğitim alan 4.200 öğrenci arasında yapılan bir araştırmaya göre;

Her gün cinsel tacize uğradığını söyleyenler %39,

Haftada en az bir tacize uğradığını söyleyenler %29,

13-19 yaş arasında doğum yapan bekâr kızlarda doğum yapma oranındaki artış bir önceki yıla göre %16,

Şikâyet hâlinde idarenin şikâyeti takip oranı %55,

Sözlü veya hareketle tacize uğrayanlar ise %89 olarak tespit edilmiştir.

3. Erkek ve kız çocuklarının farklılıklarının göz ardı edilmesi: Karma eğitim modelinde kız ve erkek öğrenciler, ruhi ve bedensel farklılıkları göz ardı edilerek aynı eğitim modeline zorlanmaktadır. Oysa kadın ve erkeğin beyin yapıları ve öğrenme stilleri birbirinden farklılık arz etmektedir. Birçok bilimsel araştırma ile ispatlanmış bu gerçeklik, karma ve tek cinsiyetli eğitim modellerindeki başarı oranlarıyla birlikte değerlendirildiğinde tablo daha net ortaya çıkmaktadır.

İngiltere`de liseyi tamamlama imtihanı olan A kevel ve GCSE sonuçlarına bakarak yapılan bir karşılaştırmaya göre, kız ve erkek okullarının başarı oranı, karma eğitim yapan okullara göre daha yüksek çıkmıştır. Araştırmaya göre; ilk üçe giren okulların hepsi özeldir. St. Paul's Girls School'un birinci, Perse School for Girls'ün ikinci olması, özel kız okullarının karma okullara nazaran ne denli başarılı olduğunu ispatlamıştır. İlk 50`ye giren liseden 27`si kız okulu olurken, 14'ü erkek okuludur.  Aynı araştırmaya göre ilk 50`ye giren okullardan sadece 7 tanesi karma eğitim yapmaktadır.

4. Eğitim tercihi hakkına aykırı olması: Karma eğitim, eğitim tercihi hakkı açısından hak ihlâlleri oluşturmaktadır. İnançları dolayısıyla karma eğitim uygulamasını istemeyen aileler ve öğrencilere karma eğitim dayatmasında bulunmak, açık bir insan hakları ihlâlidir. Kız ve erkek öğrencilerin kendilerini daha rahat hissedebilecekleri bir ortamda eğitim görme hakları olmalıdır. Karma eğitimin zorunlu olması bu hakkı engellemektedir.

5. İnanç özgürlüğü ve dini eğitime aykırı oluşu: İnanç özgürlüğü bağlamında her bireyin dinî eğitim hakkı bulunmalıdır. Toplumun ezici çoğunluğunun Müslüman olduğu bir ülkede İslâmî eğitim hakkı ve bunun gerektirdiği ortam sağlanmalıdır. Özellikle imam-hatip liseleri ve ilahiyat fakültelerinde karma eğitim uygulamalarının bulunması, insanî açıdan çeşitli sorunların ortaya çıkmasına neden olmaktadır.  Kur`an-ı Kerim derslerinde kız öğrencilerin erkek öğrencilerin bulunduğu bir ortamda -insan haklarına aykırı bir şekilde-bazen özel hâlleriyle ilgili açıklamalar yapmak durumunda kaldıkları bilinmektedir.

Türkiye`nin birçok bölgesinde özellikle kız çocuklarının okula gönderilmemesinin arka planında dinî gerekçeler bulunmaktadır. Eğitim-Bir Sen`in Diyarbakır, Van, Bitlis, Siirt, Mardin, Batman başta olmak üzere okuma-yazma oranı en düşük illerde yüz yüze görüşerek yaptırdığı ankette bulunan “Neden kız çocuklarınızı okula göndermiyorsunuz?” sorusuna velilerin %60`ı şu cevabı vermiştir: “Ahlaki değerlerimizi korumak istiyoruz, okullardaki eğitime güvenmiyoruz.” Ayrıca Eğitim ve Halkla İlişkileri Geliştirme Derneği`nin “Kız Çocuklarının Okullaşması” kampanyası çerçevesinde yaptığı ankete katılanların %59`u ahlâkî değerlerin korunması konusunda endişeli olduklarından dolayı kızlarını okula göndermediklerini ifade etmişlerdir.

6. Cinsel rol değişimi ve meslekî hedef sapmaları: Aynı ortamı paylaşan kız ve erkek

öğrencilerin gerek cinsiyete özgü davranışlarında ve gerekse de meslek seçimine dönük yönelimlerinde hedef sapmalarının olduğu gözlemlenmektedir.

7. Aile ve okul ikilemi: Türkiye özelinde birçok öğrencinin aileden aldığı terbiye ve eğitimin okulda gördüğü karma eğitim modeli ve bu uygulamanın getirdikleriyle uyuşmaması, öğrencileri ikileme düşürmektedir. Bu ikilem aynı zamanda öğrenciler üzerinde birçok olumsuz davranışın ortaya çıkmasına sebebiyet vermektedir.

8. Flört olarak adlandırılan ilişkilerin yaygınlaşması: Karma eğitim ortamının karşı cinsle duygusal bir bağ kurmaya sebep olan olumsuz yönü neticesinde öğrencilerde başarı seviyesi düşmektedir. Medyanın özendirici etkisiyle "flört" olarak adlandırılan gayr-ı ahlaki ilişkilerin beraberinde getirdiği cinsel tacizler ve istenmeyen gebelikler önemli sorunlar oluşturmaktadır. 

9. Ekonomik farklılıkların ön plana çıkması: Karma eğitim, sosyal ve ekonomik farklılıkların ön plana çıkarıldığı ve bu yönden kendini yetersiz hisseden gençlerin psikolojik bunalımlar yaşadığı bir ortam oluşturmaktadır. Karma eğitim modeli uygulayan okullarda öğrencilerin velilerinden daha fazla ekonomik isteklerde bulundukları gözlemlenmektedir. Bunun altında yatan asıl sebep, karşı cinsi etkileme güdüsüdür. Ailelerin bu maddi istekleri karşılayamamaları, gençlerde intihara kadar giden birçok psikolojik sorunlar oluşturmaktadır. Fizikî ve görsel farklılıkların psikolojik sorunları tetiklemesi: Fiziki ve görsel farklılıklar, karma eğitim modeliyle eğitilen gençlerde daha fazla psikolojik bunalımlara sebebiyet vermektedir. Kendini diğer arkadaşlarına göre daha çirkin hisseden kız öğrencileri ya da kendini diğer arkadaşlarına göre daha az yakışıklı gören erkek öğrenciler, psikolojik bunalımlar geçirmekte ve aşağılık kompleksi yaşamaktadır. Disiplin suçlarının artması: Karma eğitim uygulayan okullarda disiplin sorunları daha fazla ortaya çıkmaktadır.  Öğrenciler arasındaki tartışma,  kavga ve hatta sonu ölümle biten vakaların arka planındaki nedenler, çoğu kez kız-erkek ilişkileriyle bağlantılıdır. Ayrıca kız ve erkek öğrencilerin aynı sınıfta eğitim görmesi, öğretmenin sınıf içerisindeki otoritesine de olumsuz etki etmektedir.

SDAM`ın eğitim raporundan özetlenerek alınmıştır