Marmaray`ın açılmasının ardından pek çok aksaklık yaşandı. Aksaklıklar arasında en garibi ise imdat kolunun çekilmesi sonucu trenlerin durması oldu.
İmdat kolunun sık sık çekilmesi yüzünden seferlerdeki aksamaların arttığı iddiaları üzerine TCDD Marmaray yetkilileri oldukça etkili bir çözüme imza attı.
Pazar sabahı Marmaray`a Ayrılık Çeşmesi yönünden binen yolcular, her vagonda TCDD yelekleri giymiş iki Marmaray görevlisiyle karşılaştı. Görevliler, kendi ifadelerine göre imdat kolunu çekenleri yakalamak üzere orada bulunuyordu. Aynı zamanda kameralı sistem de bulunan Marmaray vagonlarında personel görevlendirilme gerekçesini ise adını açıklamayan bir Marmaray çalışanı "eleman sıkıntısı" şeklinde özetledi. Kameralı sistemin kontrolü tam olarak sağlayamadığını öne süren Marmaray çalışanı "Kameralarla kontrol için çok fazla personel gerekiyor. Genel Müdürlük bu şekilde 50 civarında personeli trene koyarak kontrolü sağlamak zorunda kaldı" diye konuştu. Bir başka çalışan ise Marmaray yetkililerinin kendilerine görevin bitiş tarihi hakkında bilgi vermediklerini söyledi.